Mata kuliah sanitasi dan penanganan limbah membahas tentang sanitasi yang harus diterapkan dalam lingkungan industri pangan, sanitasi pekerja, sanitasi peralatan proses dan mesin pengolahan (penerapan CIP dan COP), sanitasi pada gudang bahan baku, sanitasi pada gudang produk jadi. Kemudian juga dibahas tentang jenis-jenis limbah, konsep pengelolaan dan penanganan limbah seperti koagulasi dan sedimentasi, produksi biogas, proses lumpur aktif, pengkomposan dan tricking filter.